Polytech Nantes Infos n°4 - Février 2010
Polytech'Nantes Infos

Dans la continuité des onze séminaires initiés depuis 2007 dans le cadre du projet de Recherche en Bio-Informatique BIL (Bio-Informatique Ligérienne), une journée thématique dédiée à la génétique d'association, et plus particulièrement aux études d'association pangénomiques, a eu lieu à Nantes le 28 janvier 2010.
Cette journée était organisée par l'équipe COD du Laboratoire d'Informatique de Nantes Atlantique (UMR CNRS 6241), dans le cadre du projet de Recherche en Bio-Informatique BIL, avec le soutien de l'Unité Inserm UMR 915 / Institut du Thorax  / lnstitut Fédératif de Recherche Thérapeutique (IFR26).

L'objectif était de rassembler des chercheurs en bio-informatique, biologie, génétique et bio-statistiques, s'intéressant à la conception, la mise en oeuvre et la validation d'études d'association pangénomiques.

Une thèmatique actuelle....

En épidémiologie génétique, les études d'association pangénomiques (genome-wide association studies - GWASs) examinent des sites particuliers du génome, les marqueurs génétiques, afin d'identifier les associations entre ces derniers et un phénotype (maladie, pression sanguine, poids ...). Les marqueurs génétiques sont des sites privilégiés pour identifier des variations génétiques entre individus, et plus particulièrement entre témoins et malades. Le génotypage haut-débit de marqueurs génétiques comme les SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) permet de caractériser des centaines de milliers, voire un million de variants par individu, ouvrant l'ère des analyses pangénomiques.

...avec des intervenants de qualité

Lors de la journée, cinq conférenciers invités ont présenté un ensemble de travaux sur des avancées récentes dans le domaine.

  • "Statistical methods for association analyses in the resequencing era" par David Balding,Institute of Genetics, University College London
  • "Aspects pratiques d'analyse des GWAS" par Cédric Coulonges, Chaire de Bioinformatique, Conservatoire National des Arts et Métiers 
  • "Genome-wide association analyses with CNV data" par Lachlan Coin, Division of Epidemiology, Public Health and Primary Care, Imperial College London
  • "Inférence des haplotypes et ses applications dans les GWAS" par Olivier Delaneau, Chaire de Bioinformatique, Conservatoire National des Arts et Métiers
  • "Statistiques locales pour le traitement des études génétiques d'association à grande échelle (GWAS)" par Mickael Guedj,Ligne nationale contre le cancer